萌萌侵略者完整版讲述的是　加纳慎一（花江夏树 配音）是一个不折不扣的宅男，在初次告白被拒绝之后，慎一就过起了深入简出的御宅生活。可是，老是呆在家里总也不是个办法，抱着这样的念头，慎一决定外出工作，在一番可疑的面试之后，慎一竟然成为了“安缪特克负责人”。 　　原来，富士树海中出现了一个和异世界相连的时空隧道，在隧道的那一头，存在着一个名为“艾尔丹特”的国家，而慎一的工作，就是前往这个国家，在那里宣传他最最熟悉的“宅文化”。在异世界里，慎一结识了温柔贤惠的精灵女仆弗兰（三森玲子 配音）和个性桀骜不驯的艾尔丹特帝国皇帝佩特菈卡（渕上舞 配音），徘徊在两个可爱的女孩子之间，会有怎样的经历在等待着慎一呢？