祁连山的回声完整版讲述的是1930年代，长征途中。红军妇女独立团在团长（倪萍 饰）带领下，率部女扮男装阻击敌人，掩护主力撤退。丈夫田林（张潮 饰）就在自己队伍中，但形势所逼，团长不能与其相认。侦察归来的桑吉措（泽仁拉姆 饰）报告，同去侦察的蛮妞（周生 饰）被马匪俘获，众战士决心下山跟敌人硬拼，团长和政委（王宝坤 饰）知道敌人想用“引蛇出洞”诱歼我军，坚决不同意下山，但田林和桑吉措违令冲向敌群，政委为挽危局中弹牺牲。团长举枪对准田林，她要执行战场纪律，众人纷纷跪倒求情。在党的会议上，决定田林、妙姑（木易 饰）带师长（金石声 饰）和政委的遗孤小毛头（王浩 饰）进祁连山，自己则带领其他战士进入茫茫大漠....